Entre las escuelas participantes en el Programa Bécalos cabe destacar, en educación media superior a los bachilleratos públicos de las diversas entidades federativas y a los Colegios Estatales de Estudios Científicos y Tecnológicos (CECyTES). En el nivel licenciatura se cuentan decenas de universidades e institutos tecnológicos de las entidades federativas, así como el Instituto Politécnico Nacional y la Universidad Nacional Autónoma de México.